承担该学科研究任务的主要有中国经济史研究室、中国现代经济史研究室。目前为中国社科院学科“登峰计划”的重点学科。
中国经济史的研究，始于20世纪30年代初。经济所的前身机构社会调查所从1930年开始进行经济史资料整理和经济史研究。陶孟和、汤象龙等人组织的清代财经档案的整理、统计工作，是中国史学界第一次大规模的清代财经档案整理研究工作，仅1930年至1932年，抄录的档案就达10万余件之多。1934年北平社会调查所与中央研究院社会科学研究所合并后，清代财经档案的抄录、整理工作得以延续，直至约1937年。同时，中国经济史的研究卓有成果，自1930年至1949年先后进所从事经济史研究的学者包括汤象龙、刘隽、罗玉东、梁方仲、严中平、李文治等，在经济史研究领域中享有很高的学术地位。
中国经济史研究室
中华人民共和国成立后，1953年经济研究所设立伊始就设置了经济史组，由副所长严中平兼任组长。1977年，中国社会科学院成立，经济史组扩建为中国经济史研究室。研究室下分设中国古代、近代、新中国史以及中国资本主义发展史等四个研究组（新中国史组1991年单独成立为中国现代经济史研究室），仍由副所长严中平兼任研究室主任。该室工作人员最多时曾达44名，是当时经济所最大的研究室，也是国内唯一的研究时段最全、人数最多、高级研究人员比较集中的中国经济史研究机构。
1986年《中国经济史研究》杂志创刊，迄今已逾30载。它是大陆地区以中国经济史研究为中心的专业核心期刊，向国内外发行。编辑部原先与研究室合一并由研究室领导，近年独立出来，有利于更大的发展。
1986年12月，全国性学术团体“中国经济史学会”成立，第一任会长为严中平，以后为吴承明、经君健、董志凯、刘兰兮，现为魏明孔。该学会下设古代、近代、现代和外国四个专业委员会。学会隶属于经济研究所，学会秘书处设于经济所中国经济史和中国现代经济史研究室，研究室3人担任古代史、近代史专业委员会秘书长和理事。学会成立30多年来，已召开多次全国性的年会和学术研讨会，并发行会刊《中国经济史论丛》。
经济所研究室鼎盛时期的骨干队伍是以严中平、李文治、吴承明和汪敬虞为代表的一批马克思主义经济史学家。经过几代经济史学者数十年来辛勤耕耘，创作出丰硕的研究成果，塑造了中国经济史研究室的学术传统，经济所也因此被学界誉为中国经济史学研究的重镇。吴承明、汪敬虞、宓汝诚、聂宝璋、经君健共五位先生当选中国社会科学院荣誉学部委员。目前，经君健、魏明孔担任国家社科基金评委。先后担任过中国经济史研究室室主任的有严中平、吴承明、方行、经君健、江太新、朱荫贵、刘兰兮、魏明孔，现任研究室主任为徐建生。
长期以来，中国经济史研究室坚持我国史学绝对尊重史料，言必有据，论从史出的优良传统，形成以不尚空谈，重视实证，提倡扎实基础、严谨求真的学风。这一学风，集中体现在严中平倡导的破“四旧”（即必须对外国经济史有相当程度的了解，不能就中国论中国；必须对政治、法律、典章制度乃至社会心理有一定程度的了解，不能就经济论经济；必须对经济发展的全过程有所了解，不能就所研究的那个时代论那个时代；必须重视理论上的提高，不能就事论事），立“四新”（即要求努力做到：或者提出新的问题，或者提出新的观点，或者提出新的资料，或者运用新的方法）上。
中国经济史研究室以中国传统社会向现代社会转变的“转型社会经济”为研究重点，发挥经济史中长时段研究的优势，从不同侧面，对传统经济的发展水平、传统经济与现代经济的关系、本土因素与外来因素的关系，中国国情与中国特色的现代化道路等问题开展实证研究；把国情调研与对长时段专题史研究结合起来，体现经济史研究对解决现实焦点、热点、难点问题的独特价值，形成突出若干重点、基础前沿并举、确保相辅相成的动态科研课题模式。
中国经济史研究室作为院重点学科，以传承与创新并行作为今后发展的指导思想，应本着“史无定法”的理论方法，以“通古今之变”，探索与研究中国经济长期发展的脉络、规律为己任，力图为建立和发展中国特色的马克思主义经济史学起到应有的作用。
中国经济史研究室的成绩，特别是近40年来的主要学术成果有：其一，资料奠基工作。严中平组织选编《中国近代经济史统计资料选辑》，又组织编辑出版了《中国近代经济史参考资料丛刊》，包括近代工业、农业、手工业、对外贸易、外债、铁路、航运史等资料集。2016年科学出版社全部影印再版并增补为8种26册。重要资料集还有《中国资本主义工商业史研究资料丛刊》、《中国工商行会史料集》、《清代工商行业碑文集粹》等。近年来继续整理出版了《明清时期土地问题数据集》、《明清农业史资料》、清代粮价资料、徽州文契资料等。其二，集体研究著作。主要有严中平、汪敬虞、刘克祥、吴太昌主编的《中国近代经济史》一、二、三卷；许涤新、吴承明主编的《中国资本主义发展史》一、二、三卷；方行、魏金玉、经君健主编的《中国经济通史•清代经济卷》；吴承明、江太新主编的《中国企业史•近代卷》，刘兰兮主编的《中国近代企业史》等，多次获得国家和院的各种重大奖项。2016年由魏明孔主编的《中华大典·工业典》出版，总字数达4000万字。同时还出版了一批高水平的个人专著。
中国现代经济史研究室
1977年，在齐燕铭、许涤新（时任经济研究所所长）领导下，经济所在中国经济史研究室内成立了“新中国经济史研究组”。这是政府设立的第一个专门研究新中国经济史的学术组织。组长先后为赵效民、诸班师、李炳俊、董志凯。1991年，新中国经济史研究组从经济史研究室分离出来，独立组建为经济所中国现代经济史研究室。首任室主任是董志凯（1991-2004年），此后为武力（2004-2008年）、徐建青（2008-2011年），现任研究室主任为赵学军。
中国现代经济史研究室的主要研究领域为中华人民共和国经济发展史（包括中华人民共和国成立后的港、澳、台经济史，还包括中华人民共和囯成立前1927-1949年的革命根据地和解放区经济史）。著名经济学家陈翰笙、薛暮桥、徐雪寒、吴承明、杜润生、刘国光、董辅礽等都担任过研究室顾问。研究室自正式成立以来，承担了大量国家和院、所重点课题，均较好地完成了任务，出版了一大批革命根据地和中华人民共和囯经济档案资料和研究著作，获得了院、所和社会的好评，成为国内研究中国现代经济史的重要阵地。
1988年以前，研究室的主要力量用于中华人民共和国建立以前的革命根据地经济史研究，收集、整理了大量史料（公开出版了一部分），并发表了一批研究成果，例如《中国革命根据地经济史料选编》（三册），《华北解放区财经史料选编》（合作）、《中原解放区财经史料选编》（合作）、《中国土地改革史料选编》、《中国革命根据地经济大事记》、《中国革命根据地经济史（1927-1937)》、《解放战争时期的土地改革》、《中国土地改革史》、《中国的土地改革》等。
1988年以后，根据国家的需要和院、所的要求，研究室将主要科研力量用于1949年以后的中华人民共和国经济史研究。从1988年开始，研究室承担了中国社会科学院与中央档案馆合作的国家重点项目“中华人民共和国经济档案资料选编”，到2011年，已经完成了1949年至1965年的档案资料选编出版工作，共出版了31卷，约3500万字的档案资料，填补了这方面的空白，该项目曾经获得国家社会科学基金首届优秀成果奖。在编研经济档案资料的基础上，研究室分步骤展开国民经济恢复时期、“一五”时期、“二五时期”经济分析及经济史的研究、撰写工作。
中国社会科学院经济研究所及其前身机构开创了持续80余年、四次大规模的“无锡、保定农村调查”课题。1998年研究室参与组织了中国社会科学院与荷兰科学教育部合作的第四次无锡、保定农村调查。2011年，研究室又组织了无锡、保定农户收支调查（1998-2010）。此后，研究室一直进行无锡、保定农村专题调查，积累了有关无锡、保定农村经济丰富的资料。
进行农村经济研究是研究室的另一研究方向。近年来，研究室对北京市房山区、山西省阳城县、辽宁省阜新蒙古族自治县、河南省新野县、陕西省柞水县、湖南省湘西苗族土家族自治州、贵州省毕节市、云南省施甸县等地的农村经济、扶贫开发进行了深入的调研。
经过多年的学科建设，研究室形成了自己的学术优势和特色，已经具备了较强的科研能力，在经济史理论和中华人民共和国经济史研究方面形成了一批在国内外有影响的专著和论文，成为中国现代经济史研究的重要基地。研究室主要学术成果包括：《中华人民共和国经济档案资料选编》（3辑31卷）、《中华人民共和国经济史》、《中国10个五年计划研究报告》《中国村庄经济--无锡保定农村调查（1997-1998）》等。
研究室人员编研的《1949-1952中华人民共和国经济档案资料选编》于1999年获国家社会科学基金项目首届优秀成果奖，吴承明、董志凯主编的《中华人民共和国经济史（1949－1952）》于2004年获中国社会科学院第五届优秀科研成果一等奖，《1953-1957中华人民共和国经济档案资料选编》于2004年获中国社会科学院第五届优秀科研成果三等奖，《中国十个五年计划研究报告》于2011年获中国社会科学院优秀成果二等奖。研究室有5位学者参加的刘树成主编的《现代经济学词典》获2007年中国社会科学院第六届优秀科研成果一等奖。董志凯主编的《中华人民共和国经济史（1953-1957）》、赵学军的论文《再论中国金融业的社会主义改造》分别获得中国社会科学院第九届优秀成果三等奖。另外，研究室有多部专作和论文获得经济所优秀成果奖。
未来几年，研究室将继续努力，进一步建成国内外中国现代经济史研究的重要基地、中国现代经济史资料中心、中国现代经济史学科的“旗舰”。在学科建设方面，研究室将在现有研究的基础上，以现实经济问题为导向，探讨当代中国经济发展之路，计划在国民经济发展、经济体制变迁、产业结构和政策、区域经济、中外经济关系、农村及农户经济转型、工业化、城镇化等方面展开深入的历史与理论探索。